L’Istituto San Nicola il Pellegrino è collegato in un sistema a rete con la Facoltà Teologica Pugliese. Il curriculum quinquennale è composto da un triennio e da un successivo biennio con un duplice indirizzo: pastorale - catechetico - liturgico  e pedagogico - didattico.

I gradi accademici conferiti agli studenti dalla Facoltà Teologica sono:

• il Diploma in Scienze Religiose, al termine del triennio, primo grado accademico che, nell’ordinamento civile, corrisponde alla laurea (L);
• il Magistero in Scienze Religiose, con specificazione dell’indirizzo, secondo grado accademico che, nell’ordinamento civile, equivale alla laurea specialistica (LS), al termine del successivo biennio